Protein Dinamikai Szimulációs És Molekula Modellezés Munkacsoport Kutatócsoport

A csoport fő érdeklődési területe biomakromolekulák dinamikus tulajdonságainak valamint egymással és kis molekulákkal történő kölcsönhatásainak tanulmányozása in silico (molekuláris dinamikai szimulációk és egyéb számítási és molekuláris modellezési) módszerekkel. Elsősorban a hemosztázis és trombózis folyamatában résztvevő fehérjék szerkezet-funkció összefüggéseinek elméleti vizsgálata, az allosztérikus kölcsönhatással kiváltott nagy konformációváltozások, valamint a transzglutamináz és cisztein proteáz reakció mechanizmusa áll érdeklődésünk előterében. Szimulációs és számítási módszerek alkalmazása patogén mutációk okozta funkció változások szerkezeti biológiai hátterének értelmezésére szintén része kutatásainknak. A kommersziális és akadémiai szoftverek (a teljesség igénye nélkül: a Schrödinger programcsomag több modulja, valamint a GROMACS, AMBER, Gaussian 09, GAMESS, AutoDock, CHIMERA, VMD) alkalmazásán túl a szimulációk és számítások során gyakran előforduló hiányos vagy rossz minőségű erőtér paraméterrendszereket saját fejlesztésű szoftverek segítségével tudjuk kiegészíteni vagy javítani. Az olyan kölcsönhatások pontosabb leírására, amelyeket kémiai kötések kialakulása és/vagy bomlása kísér, hibrid kvantummechanikai/molekulamechanikai számítási módszereket (pl. a részvételünkkel is fejlesztett ONIOM módszert) alkalmazunk. Az „in silico” laboratórium számításait egy linux cluster és néhány grafikus munkaállomás segíti. A csoport hozzáféréssel rendelkezik a Nemzeti Információs Infrastruktúra Fejlesztési Intézet keretein belül működtetett szuperszámítógépekhez is.